Yo hasta hace poco tenia dos particiones , una para archivos y otra para el emule en ntfs y una tercera en fat32 para el windows y los programas.Ahora la tengo convertida a ntfs y parece que va bien, pero como te han dicho puede fallar algo y que no vaya tan bien, si puedes mejor formatea aunque de eso siempre tienes la opcion si despues de convertir no va como esperas.

Si me equivoco en algo que me corrijan.