¿Tardan lo mismo todas las instrucciones de la placa? No, por la general las instrucciones de salto tardan mas ya que se debe guardar el contexto, el contador de programa, etc.

¿Cuantas instrucciones se ejecutan a la vez? Normalmente mientras se ejecuta una instruccion se comienza a cargar la siguiente, se descodifica otra, etc.. Es lo que se conoce como el ciclo de instruccion.

¿Y cuántos programas se ejecutan a la vez? Eso ya es tema de software, normalmente cada proceso se ejecuta segun un algoritmo (normalmente Round Robin) con una unidad de tiempo asignada a cada proceso conocida como quantum.

¿Cómo es posible que las cifras sean diferentes? No entiendo muy bien esta pregunta. Si no te importa planteala de otra manera.

¿Sabiendo lo que tarda cada instrucción en el ordenador podría saberse lo que va a tardar un programa? Efectivamente.

¿Podría saberse al menos alguna cota? Mira la velocidad del procesador y haz los calculos pertinentes.

¿Un programa siempre tarda lo mismo? No, todo depende del numero de procesos, arquitectura del sistema operativo, etc.

¿De qué puede depender? Lee la respuesta anterior.