- Lo que tendrías que realizar sería la extracción de ese HDD que tienes instalado en el equipo e instalarlo en otro. Desde el otro equipo prueba ver si copias archivos hacia tu disco y los borras como también si puedes abrirlos a una velocidad que sea distinta, o sea, mejor. Si ves que la cosa no funciona correctamente pues bueno, tendrás ya la idea de que algo anda mal con el hdd. En ese caso, respalda la información y prueba re-hacer el disco de cero. Desde un formato a fajo nivel, particionamiento, formatead y posteriormente la instalación del SO.

Algunos detalles; si por alguna razón el hdd funciona correctamente, asegúrate de que estés usando el mismo cable de datos que usas en tu equipo. Esto es para verificar si es que el problema no está alojado en algún mal funcionamiento de este dispositivo (cable).

- Si nada de lo anterior funciona, pus bueno, tendrías que darme algunas pistas más. Pero verificaría que parámetros como la memoria virtual de Windows no esté configurada manualmente, esto es a tono de que a veces, buscando una mejor performance, se modifican los valores por defectos (que fueron ingresados automáticamente por el so en la instalación) y el equipo comienza a funcionar anormalmente. Entre otras cosas el uso de ciertos programas que busca la optimización del la memoria, etc., no dejan más que un pobre rendimiento. Aclaro, no todos, pero la mayoría si.

- Probaría también resetear la bios del equipo y configurarla con lo básico, y no incluyendo (si te permite modificar) el sistema S.M.A.R.T. A tono de verificar si el rendimiento cambia en algo. Luego, pese a que ande bien o no, reconfigura la opción S.M.A.R.T. para que esté nuevamente activada.